从我国现今大学内部治理结构来看，其由政府决定与支配的“科层制”的组织制度本身，无处不渗透着政府的行政权力，纵横交错地分布着政府权力链延伸而至的学校行政权力，而且这种一元化的行政权力通天贯地，学者与学术活动无不固化于其彀中，使得大学已经不可能成为一个纯粹的“学术共同体”，而是一个由行政权力主导的“复杂利益共同体”。在这个共同体中，行政权力占据着学术场域的几乎所有空间，且始终主导着大学内部的一切学术事务，甚至包括学术组织构建、学术规则制订、学术资源分配、学术活动开展与学术评价等。由此，大学学术权力也就失去了其作为“大学及其成员自主管理学校内部事务的权力”最初的意义，在面对强大的行政意志和市场的冲击时，常常自觉或不自觉地偏离了“学术本位”。诚然，当代大学内部管理的专门化有其必然性和必要性，行政机构和行政权力的存在与运行也是大学“双重自治结构”的根基，不可轻易丧失也不能随便予以否定，况且行政权力也必须担负起对学术权力的监督与制约，因为“学术世界与所有的社会世界没什么两样，也是争斗的场所；学者们彼此争夺对学术世界和一般社会世界的真理的掌握权。” ^[12]“权力具有天生的自我本位和无限膨胀倾向，容易被滥用。这种滥用抑或不正当利用实质就是权力的权利化和权力的非责任化。学术权力的运行也容易陷入这一怪圈。”^[13]学术权力一旦失去制衡，同样要深陷腐朽的泥潭。所以，在大学摆脱对政府和教育行政部门严重依附的同时，必须建立足以体现“大学自治，学术自由”的现代大学制度以及学术权力与行政权力相互制衡的机制，这是大学学术回归理性的基本保障。
当前也有不少学者在谈论学术治理层面的立法问题，但多是出于对学术不端和学术腐败行为惩治的考量。因为学术活动与其它社会活动一样，任何时候都将夹杂着名誉、地位、权力与利益的冲突，都不可避免地会产生行为上的不端甚至是腐败，所以一方面要依靠学者的自律、管理上的监督以及内部制度的规约，另一方面要建立完整的法律惩治体系。但是，学术层面的立法如果仅仅局限于惩治学术不端与学术腐败，那么学术最终还是无法摆脱其“功利性”与“工具性”的价值取向，况且逐渐丧失的大学精神也不会因为法律的严厉而重新回归。所以，学术治理层面的立法必须以“大学自治和学术自由”的为基本出发点，重在体现其“指引”、“评价”与“保障”的功能，要从根本上解决好学校与政府、学校与社会以及学校内部行政与学术之间的法律关系问题，并以法律的形式对政府和学术行政主管部门的学术权力进行规制，对大学内部学术权力以及大学学者和学术活动进行规范。同时要为大学学术权力制度的建构和教授治学格局的形成创造良好的法制环境，最终消除行政权力对学术活动的微观管理，让学术界自身真正成为学术权力的主体。这是大学学术回归理性的根本保障。
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